elCutty, mal 'ne ganz blöde Frage, nur um das Problem möglichst genau einzugrenzen:
Hast Du mal Deine FireWire-Strecke überprüft?
Wenn das Problem nicht regelmäßig an exakt der gleichen Stelle auftritt, dann könnte da ja was am Datenfluss gestört sein.
Ein Bekannter hatte mal extreme Probleme mit dem Capturing (mit Totalabstürzen), bis er zufällig bemerkte, dass das FireWire-Kabel nur wackelig am PC-Kontakt hing. Als er das Kabel feststeckte, war alles wieder in Ordnung.