Überall:
Eine lateinische Chronik des 14. Jahrhunderts berichtet von einem angeblichen Hostienfrevel; Mitglieder jüdischer Gemeinden hätten Werner in Oberwesel an den Füßen aufgehängt, um eine Hostie zu entwenden, die er zu schlucken im Begriff war. Anschließend hätten sie ihn in den Rhein geworfen. In Bacharach, wo der Leichnam 1287 angeschwemmt worden sein soll, wurde er an der Kunibertskapelle begraben, zu der sich bald eine Wallfahrt entwickelte. Mit Beiträgen der Wallfahrer wurde an Stelle der Kunibertskapelle die Wernerkapelle errichtet.
Die Verehrung Werners war vor allem im Volkschristentum verankert. Im Jahr 1963 wurde er aus dem Kalender der Diözese Trier als Heiliger gestrichen. Er steht jedoch weiterhin in deutschen Heiligenverzeichnissen, z. B. im Ökumenischen Heiligenlexikon.[1] 1996 wurde an der Kapelle eine Gedenktafel zur Erinnerung an die Verbrechen gegen die Juden angebracht, mit einem Gebetzitat des Papstes Johannes XXIII., in dem um Sinnesänderung der Christen in ihrem Verhältnis zu den Juden gebeten wird:
„Wir erkennen heute, daß viele Jahrhunderte der Blindheit unsere Augen verhüllt haben, so daß wir die Schönheit Deines auserwählten Volkes nicht mehr sehen und in seinem Gesicht nicht mehr die Züge unseres erstgeborenen Bruders wiedererkennen.
Wir erkennen, daß ein Kainsmal auf unserer Stirn steht. Im Laufe der Jahrhunderte hat unser Bruder Abel in dem Blute gelegen, das wir vergossen, und er hat Tränen geweint, die wir verursacht haben, weil wir Deine Liebe vergaßen. Vergib uns den Fluch, den wir zu unrecht an den Namen der Juden hefteten. Vergib uns, daß wir Dich in ihrem Fleische zum zweitenmal ans Kreuz schlugen. Denn wir wußten nicht, was wir taten."
