Hab mir die Daten des WMV mal mit Media Info angesehen.
Du codierst das Video mit 500 kbit VBR, das Audio mit CBR.
Die max. VBR-Rate ist mit ca 1200 kbit angegeben (das sind wohl die ratternden Stroboskop-Szenen).
Reine Vermutung:
Manche Player ignorieren das VBR, wenn CBR und VBR gleichzeitig laufen, und schalten die Bitrate bei den ratternden Stroboskopen nicht hoch. Dadurch kommt es zu den Klötzchen - der Decoder kommt nicht mit.
Wenn Du die Codierung allerdings bisher immer so gemacht hast, dann läuft die Vermutung ins Leere.
Könnte höchstens sein, daß diesmal das Rattern extrem ausgefallen ist.